Les ateliers pédagogiques sont organisés pour un groupe de 2 à 6 enfants (maximum), en s'appuyant sur des jeux conçus spécifiquement pour les élèves. Ces jeux ont la particularité de solliciter les différents vecteurs de mémorisation : auditif, visuel et kinéstésique. Ils peuvent être abordés individuellement ou en binômes. 
Toutes les activités sont menées dans la bienveillance, le respect de chacun et l'entraide. C'est un des fondamentaux de la méthode Pépinières des Savoirs.